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二代测序

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二代测序服务内容

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  二代测序服务项目内容表:

  样品处理方法:

标本类型 取样要求 保存温度及送样要求
血液 取足量血液后置于含有抗凝剂EDTA,并且用液氮预冻过的装血管中,-80°C保存 -80°C,干冰送样
细胞 细胞悬浮,用Pbs清洗两次,离心后去上清,用1mL的Trizol重悬浮,-80°C保存 -80°C,干冰送样
普通样本(组织、粪便、土壤) 新鲜样本取样后直接置于用液氮预冻过的离心管中,重放回液氮中速冻,然后-80°C保存 -80°C,干冰送样
病毒DNA,大量水样 需提取DNA,-80°C保存 -80°C,干冰送样

  真核转录组(有参/无参)分析常见问题:

  1、能否通过转录组研究找到我想要的基因,以及它在不同样本之间的表达差异?

  可以,但前提是样本物种中的确存在该基因。对转录组数据进行样本间差异分析可以得到基因的表达量差异,以及差异是否显著。有参转录能够直接通过结果文件找到目的基因的名称及相关信息,无参转录则需要通过BlastX进行比对寻找。

  2、能否通过转录组研究找到针对某一特定功能的基因,以及分析它的表达情况?

  可以。转录组分析通过GO数据库比对,能够得到与GO数据库中不同功能相关的基因信息,以及其在实验组中的上、下调情况

  3、可变剪切都有些什么剪切,通过转录组分析我能得到什么?

  可变剪切共分为5种:SE(外显子跳跃)、RI(内含子滞留)、MXE(外显子互斥)、A5SS(5‘端外显子可变剪切)以及A3SS(3’端外显子可变剪切)。可变剪切是调节基因表达和产生蛋白质组多样性的重要机制,同时也是转录组研究的一个重要内容。转录组分析能够分析出某一特定可变剪切所处的基因名称,染色体位置,在不同样本之间的表达量差异以及差异显著性等

  4、SNP、Indel主要指什么?

  SNP和Indel分别指单核苷酸多态性(单碱基变异)和核苷酸插入缺失(多碱基插入/缺失),表明了实验组在经过处理后的基因变异情况。通过转录组研究能够得到不同基因不同位点上发生的变异和影响情况,对肿瘤等研究具有重要意义。

  结果展示:

  图一:差异基因筛选。火山图能够直观的展示具有显著性差异表达的基因数目

  图二:数据质控。测序得到的原始测序序列(Sequenced Reads)或者raw reads,里面含有带接头的、低质量的reads,为了保证信息分析质量,必须对raw reads过滤,得到clean reads,后续分析都基于clean reads。在测序过程中会存在一定的错误率,测序错误率分布检查可以反映测序数据的质量。

  16S/18S/ITS扩增子测序常见问题:

  1、扩增子与宏基因组的差别?

  扩增子主要分为16S、18S、ITS测序,关注环境样本中的物种组成,该技术物美价廉,实用性高。宏基因组关注环境样本中的物种组成、功能组成及代谢通路等信息,该技术深入挖掘环境样本功能层面的信息。

  2、样本送到公司,什么时候可以拿到结果?

  自样本检测合格之后开始计算周期,包括建库、测序、数据分析、结题。扩增子周期一个月左右。

  3、扩增子测序主要能够得到的结果有哪些?

  扩增子测序主要是能够不通过分离筛选,直接提取环境中的总DNA进行测序,得到某一生态环境或处理中微生物群落的物种分布、α多样性(样本内)以及β多样性(样本间);同时,当样本来自于环境如土壤、水样等,还可以分析环境因子与该样本内物种之间的关联性。

  结果展示:

  图三。物种进化树。能够得到属水平前100属的代表序列间的远近关系及在不同样本间的丰度信息。

  图四:PCA主成分分析。能够最大程度反映样本间差异。如果样本的群落组成越相似,则它们在PCA图中的距离越接近。